物語の舞台は進学・就職率ともにほぼ100％といわれる名門校・高度育成高等学校[10]。しかし、実際は完全実力主義の高校であり[4]、進路が約束されるのは卒業時に最も成績の良かった1クラス（Aクラス）のみであるうえに、成績を残せない最底辺の生徒は退学処分となってしまう[11]。入学した生徒たちは学校側が課すゲーム的なルールに基づいた特別試験をクラス対抗で争うこととなり、獲得したポイント数によってクラスランクが変動する[11][注 1]。同校では学力や身体能力のみならずコミュニケーション能力や発想の独創性、交渉力など様々な能力が求められる[12][13]。さらに個人が利己的に振る舞うことが結果的にクラスの敗北を生むため、他クラスに勝利するためにはクラス全員が一丸となることが必要不可欠となる[14]。問題児揃いのDクラスに配属された主人公・綾小路清隆は[4]、Aクラスを目指すクラスメイト・堀北鈴音に協力することとなり[15]、クラスメイトが引き起こす問題を解決しながら[4]、その裏でとてつもない実力を発揮していくこととなる[16]。